Йордан Томов Чкатров е роден на 04.04.1897 г. в гр. Прилеп (дн. Република Македония) в бедно семейство на каменоделец. Прогимназиално образование завършва в Прилеп, а гимназиално – в българските гимназии в Битоля и Скопие. През първия сръбски режим (1912-1915) участва в младежка група, саботираща сръбското управление и администрация в гр. Прилеп. Като ученик в гимназията в освободено Скопие (1916-1918) е активен участник в патриотични прояви. На тържества в училището и в града произнася пламенни речи, за една от които е удостоен с медал. През лятото на 1918 г. представителна група на скопската гимназиална младеж предприема пътуване с концертни прояви в градовете Ниш, Лесковац, Пирот, Кюстендил и София. Й. Чкатров участва в представленията с рецитации, в гимнастическите игри и с лични приветствия към българската военна и гражданска администрация и към жителите на тези градове. В Кюстендил той се обръща със силни патриотични слова към главнокомандващия на действащата армия генерал Никола Жеков, а в София – към престолонаследника княз Борис и към народния поет Иван Вазов. Участва във войната само два месеца и след катастрофалното й завършване остава в София, където се записва студент по право в Софийския университет.

Чкатров е един от основателите на Македонското студентско дружество „Вардар”, негов активен деец и втори по ред след И. Михайлов председател през 1921-1922 г. Деен член е и на Прилепското братство в София, на Македонския младежки съюз, изявява се като трибун и пламенен оратор на всички протести и манифестации на организираната македонска емиграция в България. Става помощник и сътрудник на Т. Александров и изпълнява отговорни задачи на ВМРО в борбата й с нейните противници. Той създава една от първите петорки на ММТРО – в гр. Виена през 1923 г.

По личната препоръка на Т. Александров заминава за САЩ, където оглавява МПО през периода 1924-1927 г. Там отново проявява забележителните си организаторски и ораторски способности и успява да създаде от съществуващите структури стройна и дълготрайна организация на македонските българи, емигрирали в Северна Америка. Участва в три от нейните конгреси, извършва три организационни обиколки, съдава няколко нови местни структури. Става любим и желан от всички ръководител. Под негово ръководство се организира на високо ниво пропагандната дейност и започва издаването на в. ”Македонска трибуна”, съществуващ и до наши дни.

След завръщането си в София през 1927 г., Чкатров остава със статут на секретар на МПО и се включва в работата на ВМРО и легалните македонски организации. Става помощник и идеен сподвижник на приятеля си и ръководител на ЦК Ив. Михайлов. Категорично го подкрепя в борбата му срещу крилото на Протогеров и бившето Задгранично представителство на ВМРО, а след смъртта на Протогеров – и срещу т.н. „протогеровисти”, а по късно и срещу групата на П. Шанданов, П. Трайков и Кр. Поптодоров. В разразилата се междуособица през 1928-1934 г. той не участва в нито едно убийство от средите на враждуващото крило. Освен че публично осъжда крайните разправи, той участва и в няколко помирителни комисии. Става жертва на неуспешно покушение, спасявайки се по чудо.

През 1929 г. Й. Чкатров посещава за няколко месеца САЩ и успява да привлече на страната на Ив. Михайлов почти половината местни организации на МПО. Участник е във всички ежегодни конгреси на организацията на Македонските братства в България, на които произнася приветствия и речи, задължително отпечатвани поради тяхната важност във в. „Македония”. По важни проблеми на македонското освободително движение говори на многолюдни събрания пред привържениците на ВМРО и на братствените организации в Петрич, Св. Врач, Мелник, Неврокоп, Банско, Разлог, Якоруда, Кюстендил, Видин, София. Любим оратор е и на всички тържества и прояви на македонските младежки организации в гр. София. Редовно публикува свои статии и материали в различни вестници и списания. През 1932 г. е избран за запасен член на ЦК на ВМРО и остава такъв до 1934 г.

Йордан Чкатров е един от ръководните дейци на ВМРО, които организират контактите на организацията с италианските, унгарските и хърватските националистически организации, симпатизиращи и сътрудничещи си с ВМРО. В продължение на няколко години е в близки отношения с Болеслав Тахауер, аташе по печата при унгарската легация в София, чрез когото координира и осъществява взаимодействието с унгарците. От 1929 г. е в контакт и с Анте Павелич и другите ръководители на хърватското съпротивително движение „Усташа”. През 1934 г., след 19-майския преврат, заедно с други ръководители и активисти на ВМРО е арестуван и до 1938 г. е интерниран и въдворяван в Севлиево, Елена, Борисовград или затварян в софийския затвор „Погребите” и на други места. Непрекъснато е следен от полицията, която открива и досие за него. Въпреки контрола, Й. Чкатров успява да поддържа връзка с Ив. Михайлов, който след преврата е в Турция и до 1938 г. остава там като политически емигрант.

През 1938 г. Чкатров успява да имигрира в Белгия, където пребивава до 1939 г. Премества се в Женева и завършва там право през 1942 г. През късната пролет на 1939 г. той посещава Ив. Михайлов, който междувременно успява от Турция да получи право на местопребиваване в Полша. Двамата планират действия за възстановяване на ВМРО и за използване на политическото разделение и противопоставяне в Европа за ново международно пропагандиране на македонския въпрос. През декември 1942 г. Й. Чкатров посещава отново Ив. Михайлов, който тогава се намира в Загреб, където разполага с материалната и политическа подкрепа на своя приятел Анте Павелич, ръководител на независимата хърватска държава. Там се среща и с брат си Димитър Чкатров и неговия сътрудник Стефан Светиев, представители на групата „Чкатров-Гюзелов”, сътрудничеща на българската администрация във Вардарска Македония, след присъединяването й към Царство България през април 1941 г. Този път в отношенията между Й. Чкатров и Ив. Михайлов се забелязва охлаждане поради различни оценки и идеи за бъдещето на Македония.

Така Й. Чкатров тръгва по различен път и се дистанцира от ВМРО на Ив. Михайлов. Заедно с дългогодишния му приятел и съидейник Кирил Дрангов, тогава адвокат в Скопие, оформят група, несподеляща идеята на Ив. Михайлов да се борят за нова автономна Македония. Въпреки това той участва в няколко срещи на групата „Чкатров-Гюзелов” и в политическите срещи и събрания на българската администрация в Македония с гостуващи представители на централната власт в София. През 1944 г. мус е предлага от Добри Божилов да влезе в новопроектирания министерски кабинет в България, но той отказва, настоявайки безуспешно да бъде министър на външните работи. По това предложение по-късно се правят много спекулации от различни историци, както и по информация за негова среща с Рудолф Хес през 1939 г. в Берлин, за която няма никакви данни.

В края на 1944 г. с него влизат в контакт по тяхна инициатива представители на Македонската комунистическа партия (МКП) в лицето на Методи Андонов – Ченто и Люпчо Арсов. На проведената среща Чкатров настоява за включване в бъдещото управление на следвоенна Македония и на представители на ВМРО, което е отхвърлено от просръбските ръководители на МКП. Въпреки обещанието им след завземане на властта да не посягат на него, те най-арогантно изменят на дадената дума и го арестуват, заедно с брат му и още няколко хиляди македонски българи, обвинени като „соработници” на българската власт. След 2 години затвор, следствие и монтиран процес със заплатени клакьори, през януари 1946 г. го осъждат на 15 години затвор. Преди това е осъден на смърт и екзекутиран брат му Д. Чкатров. Като единствен начин за съпротива срещу жестоките действия на сърбокомунистите Й. Чкатров избира гладната стачка и след 27 дни от началото й умира през ноември 1946 г. в Скопския затвор. Първоначално е погребан в Скопските гробища и след известно време останките му са препогребани в Прилеп.

С активната си дейност на организатор, публицист, пропагандист и ръководител във ВМРО в периода от 1919 до 1946 г. Чкатров се утвърждава като крупна фигура на ВМРО в борбата й за запазване на българския характер на македонското славянско население във Вардарска Македония, за спасяването му от сръбска асимилация и за създаване на независима македонска държава като втора българска държава на Балканите, без сръбска доминация и с приоритетно участие на българското население в управлението й, с българска църква и българско образование. Съзнателната му саможертва срещу сърбомакедонската власт и срещу налагането на македонизма може да се сравни с подвига на Петлешков, изгорял мъченически между двете клади на турските подтисници, но запазил българското си име и национална чест.